胰腺癌基因的微陣列分析


2.64萬(wàn)字 64頁(yè) 包括外文翻譯，原創(chuàng)作品，通過查重系統(tǒng)

摘 要
胰腺癌是一種相當(dāng)棘手的人類癌癥，這很大程度上是因?yàn)槠洳∏檫M(jìn)展迅速且診斷困難，目前用于其診斷的有效的分子標(biāo)志物尚少發(fā)現(xiàn)。隨著人類基因組計(jì)劃的發(fā)展，生物信息學(xué)在人類疾病相關(guān)基因的鑒別、基因與蛋白質(zhì)的表達(dá)與功能研究等方面都發(fā)揮著重要的作用。尤其在疾病診斷領(lǐng)域，生物基因芯片通過對(duì)全組基因表達(dá)圖譜進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘，可以成功地將臨床表征不明或容易誤診的腫瘤準(zhǔn)確、快速地區(qū)分開，從而為癌癥的早期診斷與及時(shí)治療做出了突出的貢獻(xiàn)。基因微陣列技術(shù)給發(fā)現(xiàn)癌癥早期診斷的分子標(biāo)志物提供了強(qiáng)大的工具，它能夠在同一個(gè)水平上面對(duì)大量的基因進(jìn)行檢測(cè)和分析。
胰腺癌中85%的患者是胰腺導(dǎo)管癌，本文便從對(duì)胰腺導(dǎo)管癌的基因表達(dá)進(jìn)行分析下手，應(yīng)用了微陣列分析方法，希望從大量的基因微陣列數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)胰腺癌的潛在分子標(biāo)志物。我們?cè)趯?shí)驗(yàn)中對(duì)一個(gè)含有49個(gè)樣本的微陣列數(shù)據(jù)矩陣(其中24個(gè)是胰腺導(dǎo)管癌患者，另外25個(gè)為正常樣本)應(yīng)用了兩種方法進(jìn)行分析。首先對(duì)樣本應(yīng)用了方差分析法，篩選出來21個(gè)具有表達(dá)差異的數(shù)據(jù)集，其對(duì)應(yīng)的基因可能作為潛在的標(biāo)志基因；由于其3-D散點(diǎn)圖表明在這個(gè)結(jié)果中癌癥和正常細(xì)胞之間并不能完全實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的區(qū)分，因此我又采用了一種有監(jiān)督的預(yù)測(cè)算法—WV算法（weighted vote method，WV），在確定五個(gè)基因?yàn)橛?xùn)練集對(duì)樣本進(jìn)行預(yù)測(cè)分析時(shí)，預(yù)測(cè)精準(zhǔn)度能達(dá)到81.6%，通過這個(gè)方法我們得到了11個(gè)具有表達(dá)差異的數(shù)據(jù)集。通過兩個(gè)方法的共同分析，以及對(duì)得到的可能的標(biāo)志基因進(jìn)行功能查詢，我們最終確定了EPPK1 、SCGB3A1、PLOD2和DKFZp564I1922這四個(gè)基因的表達(dá)值變化以及其調(diào)控的蛋白質(zhì)在細(xì)胞中表達(dá)作為潛在的分子標(biāo)志物，有希望用于胰腺癌的早期診斷。
我們的研究為尋找胰腺癌的分子標(biāo)志物提供了一個(gè)新的思路，盡管對(duì)于篩選的潛在標(biāo)志物仍需進(jìn)行大量的生物驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，但不難發(fā)現(xiàn)微陣列技術(shù)應(yīng)用于癌癥診斷的潛在的分子標(biāo)志物的篩選和尋找有很大的作用。


關(guān)鍵詞：生物信息學(xué)；DNA微陣列技術(shù)；雙向聚類；方差分析；監(jiān)督算法